1.前置き
3DSはやってないけどスマホ版はプレイしている。そんなユーザーもいるかもしれません。
そこで当記事では3DS版の各仕様の違いを述べて、序盤からメガミュウツー直前までざっくりですが攻略法を執筆しました。各ボスの詳しい攻略法は当ブログのそれぞれ記事を参照することにしてここではワンポイントだけ説明を入れることにしてます。ルカリオナイトを初期から持ってるという環境を考慮に入れてるので参考になれば幸いです。

2.仕様の違い

3DS版
1.毎回同じやり方を使ってニャースでコインを安定して稼ぐことが出来る。
2.どんなイベントでも1挑戦につきライフ消費は1しかない。
3.スーパーボールリセット法が使える。(最後の良心)
4.捕獲数に関係なくどのステージにも挑戦出来る。
5.ホウセキを通常面のボスクリア後に貰えることが多い。
6.ニャースのイベントはホウセキ等で再び開放することは出来ない。期間は同じ。 
7.スマホ版より捕獲率に関してはマシ。
8.すれ違い通信でライフを貯めることが出来る。
9.エキストラステージではホームボタンを押すことが出来ない。
10.単発クリア後のコインが30コイン手に入る。
11.アイテムの消費コストはスマホ版より少ない。

スマホ版
1.ニャース(通常)のステージが運要素があり安定してコインを稼げない。
2.イベントステージで1回の挑戦でライフを2消費するイベントがある
3.スーパーボールでリセットしてもコインを消費する。
4.ボスステージにおいて一定の捕獲数満たしていないと挑戦出来ないステージが多々ある。 
5.通常面のボスを倒してもライフ5しか貰えず別枠の方に蓄積しない。 
6.ニャースのイベントは1日2回までホウセキで再開放することが出来る。期間は同じ。 
7.通常ステージにおいて3DS版と比べて捕獲率が大幅に下げられているステージが多数ある。 
8.フェイスブックを利用することでライフを貯めることが出来る。 
9.エキストラステージでも途中で中断することが出来て再開も出来るため疑似ホーム戦法が使えてしまう。
10.単発クリア後のコインは20コインしか貰えない。
11.アイテムの消費コストが割高

細かくあげればまだありそうですがだいたいこんな感じでしょうか。
全体的に見て3DS版からスマホ版に移植するにあたり大幅に下方修正を加えているようです。
とくに一番不利なポイントは1番目のニャースのステージで安定して稼げないという点に尽きます。
一応当ブログでスマホ版のニャースの稼ぎ方を執筆するのでそちらをご参照ください。

現状ポケとるは運の要素が強くコインを使えば大抵なんとかなるゲームの設定であるためコインの有無は重要になってきます。なのでコインがあまり溜まらないとなるとイベント等で報酬を手に入れる場合どうしても課金の必要性が上がってくるのです。

後は後々追加ステージで響くと思いますが一定の捕獲数を満たさないとボスへの挑戦権がないという点。後半のステージに行けば行くほど捕獲しづらいポケモンばかりになるので効率考えると無課金プレイは相当厳しいものになります。多分条件をこれ以上厳しくするとユーザーは逆に減るんじゃないかと思うのですがどうなんでしょうか。(その前にポケモンサファリやワンチャンスなどで脱落者続出するかもしれないですけどね)

さらに不利な点を言うと機種の仕様によるものですがエキストラステージがスマホ版だとやりづらい。スマホは3DSと違って感圧式ではないため普通のプラスティックのペンなどで反応することはないです。とくに端側は動かしづらい点が痛い。もうひとつついでにいうと、途中中断して再開することも可能である仕様なため疑似ホーム戦法が使えます。3DS版と違ってスマホはプログラムの穴を突きやすいので不正プレイが続出する危険性があります。この状態のまま制限時間性のランキングステージを開催した場合大荒れするかもしれません。
【追記】
予想通りチートが蔓延しまくってもう訳が分からない状態ですね。
幸い参加賞の入賞範囲が25万人なので大荒れというほどでもなかったみたいですが、
この状態が続いた上で入賞範囲を狭めた場合炎上になるので出来ればこのまま入賞枠はこのままかなり広めにとってほしいです。

デメリットばかりのスマホ版ですが雀の涙程度ですがメリットがあります。
スマホ版の唯一のメリットとしてはフェイスブックを利用することでライフをストック出来るという点でしょうか。
ただしそれを考慮してライフ2消費のイベントがあるようです。まぁ正直やり過ぎですね。数々の下方修正は仕方ないにしてもこれだと唯一のメリットがあまり意味を成していない気がします。

以上のことからスマホ版と3DS版やるなら断然3DS版がいいでしょう。
ただこれは現状の仕様であってもしかしたら仕様がいくつか変わる可能性も否めないので一概に決めつけることは出来ないです。それに持ち運びではスマホが有利ですからね。

3.ステージの進め方

先に述べた通りこのゲームではコインは貴重なので序盤はあまり使わないようにして進めなければいけません。幸いルカリオナイトはランキングではなくシリアルで配っている(期間限定なので注意)みたいなので最大限に利用しましょう。

1.エキストラステージは基本無視する。
序盤の戦力では太刀打ちが難しいのでエキストラステージは基本無視して攻略を進めましょう。
しかしながら後半のステージになるとどうしても必要になるのである程度戦力が整ったら挑むと良いです。

2.スーパーボールやアイテムは基本使わない(イベントを除く)
通常ステージでスーパーゲットチャンスが来ても無視して進めましょう。どうしても無理なら何度も挑戦して捕獲すればいいだけです。3DS版と違いスマホ版はライフを貯めやすいはずなので最大限に利用しましょう。
ただしゲンガーのステージでは別でスーパーゲットチャンスの発生で捕獲率が高く出る場合は使った方が良いでしょう。

3.メガクチートを倒す戦力を整える。
スマホ版と違ってメガクチート戦は火傷を狙った戦法を使う必要がなくメガルカリオさえあれば簡単に突破できます。まずは必要なものを揃えて挑みましょう。以下の手順で必要なポケモンを揃えます。

1.ヤミラミを手に入れる。(メガヤミラミをクリアする)
2.ヤドランは無理に捕獲せずステージ90のメガクチートまで進める。
3.エスパータイプに強いポケモンを捕獲する。なるべく捕獲率が高いものを捕獲する。
4.ステージ69のヤドランまで戻ってスーパーボールなしでヤドランを捕獲する。
参考パーティ:メガヤミラミ、アメモース、イルミーゼ、ブラッキー(アブソル)
5.ルカリオのエキストラステージを挑戦して捕獲する。
参考パーティ:メガヤドラン、マリルリ、ペロッパフ、オオスバメ
6.メガルカリオを使ってメガクチートを倒す。

4.メガオニゴーリ戦
普通はメガクチートを使うことが多いが手数とおじゃまガードを使ってメガルカリオで強引に突破することが出来る。アイテム無しでもいけると思うがここでコインを使って突破しても良いだろう。パーティ編成はルカリオのそうこうげき適応範囲である格闘タイプ中心で組むと良いがおまかせで出た強いポケモンで良いだろう。心配ならミミロルでレベリングすると良いでしょう。

5.メガゲンガー戦
ステージを一定のところまで進めるとメガゲンガー戦です。ここではコインを消耗なしでもギリギリ突破出来るみたいですが、コインを使って突破した方が良いでしょう。なぜならイベントニャースでメガゲンガーを利用することで元を取れるからです。またメガゲンガーを捕獲すれば大半メガルカリオかメガゲンガーでなんとかなるので出し惜しみせず捕獲すると良いでしょう。

パーティ編成はオジャマの関係からゴーストは必須としてメガ枠はメガヤミラミです。残り2匹はゲンガー、アブソルで良いです。ゾロアークは入手が難しいためスルーして良いでしょう。ゲンガーについてはゲンガナイトを手に入れただけでは意味ないのでなんとしても捕獲してください。アイテムはおじゃまガード、メガスタート、保険の手数+5を使えば勝てると思います。心配ならデンリュウでレベリングするといいでしょう。
参考パーティ:メガヤミラミ、ゲンガー、ゴースト、アブソル
詳しい攻略法は当ブログの記事をご参照ください。

6.メガミュウツーについて
現状追加ステージの配信が来るまで進める必要ないです。クリアするには大量のコインと強力なポケモンが必須であるため後回しでいいでしょう。コインを貯めたり他のSランクを取りに行ったりEXのポケモンを捕獲してから挑むと良いです。
はやくも追加ステージが解禁されたので攻略すると良いでしょう。
需要もあってメガミュウツーの攻略法を示してみました。参考にしてください。
メガミュウツーのステージでSまたはノーアイテムで攻略する方法【スマホ版向け】



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